Résistance à la colistine : mcr-1, ce que l’antibiogramme ne dit pas toujours (et comment le vérifier)
La colistine reste un recours en infections à bacilles Gram négatif multirésistants, mais l’actualité microbiologique est marquée par la diffusion de gènes plasmidiques mcr (notamment mcr-1), capables d’augmenter les CMI de colistine et de se transférer horizontalement.
Point de vigilance EBM : la colistine est un antibiotique pour lequel la méthode de diffusion sur disque et plusieurs tests gradient (E-test) sont peu fiables pour la détermination de la sensibilité. Les recommandations internationales privilégient la microdilution en bouillon (référence) pour établir une CMI interprétable.
Cas typique (terrain réel) : Patient en réanimation, pneumonie sous ventilation. Culture d’aspirat trachéal : Klebsiella pneumoniae productrice de carbapénémase (CPO). L’antibiogramme automatisé rapporte « colistine S ». Après 48 h de traitement, absence d’amélioration et bactériémie persistante.
Hypothèse à fact-checker : faux “S” lié à la méthode (hétéro-résistance, problèmes techniques) ou émergence/présence de mécanisme de résistance (mcr, modifications chromosomiques).
Conduite pratique proposée :
- Recontrôler la colistine par microdilution en bouillon (idéalement avec contrôles qualité).
- Si CMI élevée ou discordance clinique-biologique : demander une recherche de mcr (PCR ciblée ou WGS selon plateau technique), et interpréter dans un cadre de stewardship.
- Signaler le cas à l’équipe opérationnelle d’hygiène (risque de diffusion) et discuter des alternatives (p. ex. nouvelles associations β-lactamine/inhibiteur selon mécanisme et site infectieux).
Message clé antibiorésistance : ne pas sur-interpréter une “sensibilité” à la colistine issue d’un test non recommandé ; la validation par méthode de référence peut changer la prise en charge et la prévention de transmission.
Sources (sélection) :
- EUCAST. Guidance on colistin susceptibility testing (recommandations de méthode, limites des tests).
- CLSI. Standards M100 (interprétation et méthodes).
- Liu Y-Y et al. Lancet Infect Dis 2016 : première description de mcr-1 plasmidique et implications.
4 commentaires
Message très pertinent sur mcr-1 : sur le plan analytique, l’enjeu est le décalage entre un phénotype parfois « S » en routine et une CMI réelle plus élevée. Pour la colistine, EUCAST/CLSI rappellent que la diffusion en disque et plusieurs gradients sous-estiment la résistance (erreurs majeures/VME), notamment avec effets de lot, adsorption sur plastiques et hétéro-résistance. La référence reste la microdilution en bouillon (BMD) en plaques non traitées, avec contrôles qualité et lecture stricte. En pratique EBM, proposer : (1) confirmation systématique par BMD dès qu’un GNB MDR est en cause ou si CMI proche du breakpoint (≤/≥ 2 mg/L selon espèce), (2) dépistage génétique mcr (PCR) sur isolats à CMI élevée ou contexte épidémiologique, (3) interprétation clinique prudente car la PK/PD de la colistine rend les marges thérapeutiques étroites.
Message très pertinent. La colistine est un cas “piège” en antibiogramme : la diffusion sur disque et beaucoup de gradients sous-estiment/ surestiment la CMI à cause de la mauvaise diffusion et d’effets d’adsorption. En pratique, la référence reste la **microdilution en bouillon (BMD)**, idéalement sans surfactants, avec lecture stricte. Côté **mcr-1**, l’enjeu est double : (1) une **élévation modérée de CMI** peut faire basculer un isolat au-dessus du seuil EUCAST, et (2) le portage plasmidique favorise la dissémination inter-espèces. Pour “vérifier” : confirmer toute sensibilité/résistance douteuse par BMD, et si contexte épidémio/CMI limite, compléter par **PCR mcr** (ou WGS) et dépistage de co-résistances. Penser aussi à l’hétéro-résistance, fréquente avec la colistine.
Sujet très pertinent : la diffusion des gènes plasmidiques mcr (mcr-1 en tête) rend la « sensibilité colistine » plus piégeuse qu’un simple résultat d’antibiogramme. Point clé EBM : pour la colistine, l’EUCAST/CLSI déconseillent la diffusion disque et de nombreux gradients ; la méthode de référence reste la microdilution en bouillon (BMD) en plaques, avec contrôle qualité strict. En pratique, penser aux profils discordants (E-test sensible mais CMI BMD élevée), aux hétéro-résistances et aux effets d’inoculum. Quand suspecter mcr ? CMI colistine modestement augmentée (souvent 2–8 mg/L) chez Enterobacterales sans mutations chromosomiques évidentes, contexte de diffusion communautaire/animal. Vérification : BMD + PCR/NGS ciblant mcr, idéalement avec typage plasmidique pour le risque de transmission. Bon rappel pour sécuriser l’interprétation clinique.
Post très utile : la colistine, c’est un peu “l’extincteur de secours” contre certains bacilles Gram négatif multirésistants… mais l’arrivée de mcr-1, porté par des plasmides, revient à donner aux bactéries un mode d’emploi pour rendre cet extincteur moins efficace et le partager entre elles. Gros point à retenir côté pratique : l’antibiogramme peut mentir si la méthode n’est pas la bonne. Pour la colistine, la diffusion sur disque et certains tests en gradient (type E-test) peuvent sous-estimer la résistance. Résultat : on risque de croire à tort qu’un germe est sensible. Le message clé : en cas de doute, il faut confirmer avec une méthode fiable (référence = microdilution en bouillon) et, si possible, rechercher mcr (PCR/séquençage). Ça sécurise la prise en charge et évite un traitement “faussement rassurant”.
Post globalement pertinent et aligné avec les recommandations : la colistine nécessite une vigilance méthodologique, et la diffusion/disques ainsi que plusieurs gradients sont effectivement peu fiables (risque de VME). Pour renforcer la qualité, il manque la recommandation opérationnelle de référence : EUCAST/CLSI préconisent la microdilution en bouillon (BMD) pour déterminer la CMI de colistine, avec contrôle qualité. Préciser aussi que mcr-1 confère souvent une résistance de bas niveau (CMI typiquement autour de 2–8 mg/L), ce qui peut expliquer des discordances selon les méthodes/points de coupure. Enfin, bien distinguer le message : confirmation phénotypique (BMD) vs confirmation génotypique (PCR/NGS des gènes mcr), utile pour surveillance/épidémio mais ne remplaçant pas la CMI. Le post est coupé (“Les recomman…”), à compléter.