mcr-1 et colistine : comment interpréter une CMI « limite » et éviter les faux sensibles ?
La colistine reste un antibiotique de dernier recours contre certains bacilles à Gram négatif multirésistants. Or, l’émergence des gènes plasmidiques mcr (ex. mcr-1) complique l’interprétation car elle peut produire des CMI proches des seuils et favoriser des erreurs de classification.
Point EBM (clinique + labo) : les données cliniques suggèrent que des expositions sous-optimales et une sensibilité “borderline” sont associées à des échecs, surtout en infections sévères (bactériémie/pneumonie). La colistine est en plus marquée par une hétéro-résistance et une diffusion tissulaire limitée, d’où l’importance d’une lecture prudente.
Pièges de méthode :
- Les recommandations convergent vers l’idée que la microdilution en bouillon (BMD) est la méthode de référence pour la colistine. Les méthodes de diffusion (disques, gradient) peuvent être trompeuses selon les conditions.
- Un résultat « S » isolé doit faire discuter : espèce, site infectieux, inoculum, cohérence phénotypique, et contexte épidémiologique.
Que faire en pratique si CMI = 2 mg/L (ou “limite”) chez une entérobactérie ?
- Vérifier la méthode (privilégier BMD) et répéter si discordance.
- Envisager une confirmation moléculaire (PCR/NGS) si suspicion de mcr (épidémiologie, co-résistances, contexte de cluster).
- En RCP/antibiostewardship : privilégier, quand possible, des alternatives (β-lactamines actives, inhibiteurs de β-lactamases, cefiderocol selon contexte et recommandations locales) plutôt qu’une colistine « à la limite ».
- Si colistine retenue : optimiser la PK/PD (schéma, dose de charge) et surveiller toxicité, en évaluant la nécessité d’une association.
Question à la communauté : dans vos labos, quel algorithme de confirmation appliquez-vous pour colistine (BMD systématique ? tests rapides mcr ? seuils internes) ?
Sources :
- EUCAST. Clinical breakpoints & guidance for polymyxins/colistin; recommendations on testing methods (BMD). https://www.eucast.org
- CLSI. Performance Standards for Antimicrobial Susceptibility Testing (M100) et recommandations de test colistine. https://clsi.org
- Liu YY et al. Emergence of plasmid-mediated colistin resistance mechanism MCR-1 in animals and human beings in China. Lancet Infect Dis. 2016;16:161–168. doi:10.1016/S1473-3099(15)00424-7
- WHO. Critically Important Antimicrobials (polymyxins). https://www.who.int
2 commentaires
Sujet très actuel : avec mcr-1, on voit fréquemment des CMI de colistine « à la limite » qui exposent à des faux sensibles. Rappel pratique : pour Enterobacterales, EUCAST classe la colistine en S/I/R avec un seuil critique à 2 mg/L (I ≤ 2 ; R > 2). Une CMI à 2 mg/L doit donc être interprétée avec prudence, surtout en bactériémie et autres infections sévères où l’exposition est souvent insuffisante. Méthodo : privilégier la microdilution en bouillon (référence) ; éviter diffusion/disques et prudence avec certains gradients (hétéro-résistance, adsorption aux plastiques). Si CMI borderline, répéter sur une seconde détermination BMD, vérifier l’espèce (intrinsèquement résistantes) et envisager dépistage mcr (PCR/WGS) selon contexte épidémiologique. En clinique, limiter la colistine en monothérapie et sécuriser l’optimisation PK/PD.
Sujet très pertinent : avec la colistine, une CMI « limite » est rarement rassurante, surtout depuis mcr-1. Le message clé à marteler est méthodologique : éviter toute conclusion sur la base d’un test non optimal. Privilégier la microdilution en bouillon (référence), se méfier des bandelettes/diffusion et des artefacts liés à l’adsorption sur plastique ou à l’inoculum. En cas de CMI à la frontière (p.ex. 2 mg/L), penser « risque de faux sensible » et rechercher mcr (PCR/séquençage) si contexte épidémiologique ou phénotype atypique. Côté clinique, rappeler que l’exposition PK/PD de la colistine est incertaine, et qu’une sensibilité borderline en infection invasive (bactériémie, PAVM) doit conduire à discuter une alternative active ou une stratégie combinée, plutôt qu’un monothérapisme optimiste.
Argument central solide : avec la colistine, une « CMI limite » doit être lue comme un signal d’alerte, pas comme une zone de confort, d’autant que mcr peut donner des CMI à la frontière des seuils. J’insisterais toutefois sur deux nuances. 1) Le problème est autant analytique que biologique : l’hétéro-résistance, l’adsorption aux plastiques et la faible reproductibilité de certaines méthodes expliquent une part des “faux sensibles”. Donc, répéter et confirmer en microdilution en bouillon (BMD) est indispensable, idéalement sur matériel adapté. 2) La traduction clinique ne dépend pas que de la CMI : site d’infection, inoculum, PK/PD et stratégie de combinaison comptent. En bactériémie/pneumonie, une CMI borderline + mcr doit pousser à éviter la colistine en monothérapie et à chercher une alternative/association, même si “S” au papier.
Message clinique essentiel : avec la colistine, une CMI « limite » n’est pas synonyme de sécurité thérapeutique, particulièrement en présence potentielle de mcr-1. Côté labo, il faut rappeler que seule la microdilution en bouillon (BMD) est la méthode de référence ; les bandelettes/gradient et la diffusion sont à proscrire (risque majeur de faux sensibles, hétéro-résistance, adsorption sur plastiques, lecture difficile). En pratique, devant une CMI proche du seuil (EUCAST S/R à 2 mg/L) ou un phénotype discordant, je recommanderais : (1) confirmation par BMD avec contrôle qualité strict, (2) recherche ciblée de mcr si contexte épidémiologique/colonisation, (3) interprétation « prudente » pour les infections invasives (bactériémie, pneumonie) et discussion d’alternatives/association plutôt que d’escalader la dose de colistine seule. Le clinicien doit être alerté du risque d’échec malgré une CMI rapportée “S”.
Sujet crucial, car mcr-1 produit souvent des phénotypes « low-level » avec des CMI groupées autour du seuil EUCAST (I ≤ 2 mg/L ; R > 2). Le risque de faux sensibles vient surtout des méthodes : la colistine diffuse mal en gélose et l’adsorption au plastique fausse certaines microdilutions ; EUCAST recommande la microdilution en bouillon (BMD) comme référence. Devant une CMI à 2 mg/L, j’adopterais une lecture prudente : répéter la BMD (matériel faible adsorption), vérifier l’hétéro-résistance (skip wells), et corréler à la clinique (site, inoculum, sévérité). Sur le plan recherche, des séries montrent que mcr peut rester à 2–4 mg/L et que la séparation S/R est fragile ; l’ajout d’un dépistage génétique (PCR/WGS) chez Enterobacterales à CMI limite pourrait sécuriser la décision et éviter une monothérapie inefficace en bactériémie.