mcr-1 et colistine : comment interpréter une résistance plasmidique en routine ?
La colistine reste une molécule « de dernier recours » contre certaines entérobactéries multirésistantes. Or, depuis la description de mcr-1 (résistance plasmidique à la colistine), la question revient en routine : que faire d’un E. coli avec colistine non sensible ?
Point clé EBM : la méthode compte. La diffusion en gélose et les bandelettes de gradient sont peu fiables pour la colistine. Les recommandations convergent vers la microdilution en bouillon (BMD) comme méthode de référence. Une CMI à 4 mg/L peut être un vrai signal… ou un artefact si la méthode est inadéquate.
Cas-type (laboratoire) : ECBU, E. coli producteur d’ESBL, sensible à la fosfomycine et nitrofurantoïne, mais « R colistine » au gradient. Avant d’alarmer le clinicien :
- Confirmer par BMD (ou méthode validée équivalente) ;
- Si confirmé, envisager dépistage mcr (selon politique locale/épidémiologie) et signalement (hygiène/épidémiologie) ;
- Interprétation clinique : pour une cystite simple, la colistine n’est de toute façon pas l’option de choix ; la priorité est une alternative orale validée.
Antibiorésistance : pourquoi c’est important ? Les gènes mcr étant plasmidiques, le risque principal est la diffusion horizontale. On doit donc raisonner à la fois soin individuel et santé publique (surveillance, contrôle de la transmission, usage raisonné des polymyxines).
Message pratique : une « colistine R » n’est exploitable que si la méthode est robuste. Sans confirmation, on risque de surévaluer la résistance et de biaiser la prise en charge.
Sources : EUCAST (recommandations colistine/AST, méthodes), CLSI (polymyxins AST guidance), Liu et al. (2016, identification de mcr-1) ; OMS (priorisation des pathogènes/antibiotiques critiques).
3 commentaires
En routine, l’enjeu est d’éviter les faux résistants/sensibles : pour la colistine, la variabilité inter-méthodes est majeure. Diffusion et gradients surestiment fréquemment les CMI, d’où la nécessité d’une confirmation par microdilution en bouillon (BMD) selon ISO/EUCAST. Interprétation : si BMD confirme CMI > 2 mg/L (seuil EUCAST), on rapporte « R » et on contextualise (site infectieux, PK/PD, absence de breakpoints CLSI/EUCAST harmonisés selon espèces). mcr-1 est plasmidique mais n’explique pas tout : une CMI élevée sans mcr peut relever d’autres mécanismes (chromosomiques, hétéro-résistance). À l’inverse, mcr peut donner des CMI proches du seuil, d’où l’intérêt d’une CMI quantitative + contrôle qualité (E. coli ATCC 25922, P. aeruginosa ATCC 27853). Sur le plan santé publique, un isolat mcr+ justifie typage/alerte et mesures de prévention, même si la colistine n’est pas utilisée cliniquement.
mcr-1, c’est un peu comme une « astuce » génétique portable : le plasmide se balade d’une bactérie à l’autre et peut rendre la colistine moins efficace. Mais en routine, le vrai piège, c’est de confondre une fausse résistance avec une vraie. Avec la colistine, les tests type disques ou bandelettes se comportent mal, parce que la molécule diffuse mal et les résultats peuvent mentir. Du coup, avant d’alarmer tout le service, il faut sécuriser la mesure : la microdilution en bouillon (BMD) est la méthode la plus fiable pour trancher. Si la BMD confirme une CMI élevée, là ça devient clinique et épidémiologique : on suspecte un mécanisme réel (dont mcr), on évite de “compter” sur la colistine, et on pense à documenter/alerter selon le contexte. Bref : d’abord la bonne méthode, ensuite l’interprétation.
Contenu globalement pertinent : vous rappelez à juste titre que, pour la colistine, la fiabilité analytique dépend fortement de la méthode et que la microdilution en bouillon (BMD) est la référence. Points à améliorer pour un message “routine” : 1) préciser le cadre normatif (EUCAST/CLSI) et que la diffusion/disques et les gradient strips sont déconseillés pour l’interprétation clinique ; 2) compléter la phrase tronquée et indiquer les seuils/terminologie (S/I/R ou S/R selon référentiel) ainsi que l’importance de répéter/contrôler une MIC borderline ; 3) distinguer résistance plasmidique (mcr) vs mécanismes chromosomiques, et rappeler que la détection de mcr se fait par PCR/WGS (la phénotypie seule ne l’identifie pas) ; 4) proposer une conduite pratique : confirmation par BMD, contrôle qualité, puis discussion infectiologue/équipe d’antibiogouvernance.
Point essentiel rappelé : pour la colistine, l’interprétation dépend d’abord de la méthode. En routine, EUCAST/CLSI convergent : éviter diffusion disque et Etest/gradient (forte variabilité, adsorption), privilégier une microdilution en bouillon (BMD) strictement standardisée. Une fois une CMI fiable obtenue, la recherche de mcr-1 (souvent via PCR/NGS selon ressources) a surtout une valeur épidémiologique et de contrôle de la diffusion plasmidique, car la prise en charge clinique repose sur la CMI et le site infectieux. Important aussi : distinguer résistance chromosomique (mutations/PMR) vs plasmidique, et signaler rapidement au clinicien/infectiologue et à l’EOH si suspicion mcr (risque de dissémination). Enfin, rappeler les seuils EUCAST actuels et le rendu « I = susceptible, exposition augmentée » quand applicable pour guider l’optimisation des schémas thérapeutiques.
Point crucial : avant d’attribuer une « résistance colistine » à mcr-1, il faut sécuriser la mesure. Les faux profils sont fréquents avec diffusion/gradients (adsorption, effets de surface), et la BMD (référence ISO/EUCAST) reste la seule base interprétable. En pratique : (1) confirmer toute CMI élevée en BMD (idéalement panels validés/contrôles QC), (2) si CMI > seuil EUCAST, discuter un dépistage moléculaire mcr (PCR/NGS) surtout en contexte épidémiologique ou d’échec thérapeutique, (3) rappeler que mcr n’explique pas tout : mutations chromosomiques (pmrAB/phoPQ/mgrB) peuvent donner des phénotypes similaires. Enfin, l’impact clinique dépend du site infectieux, de la PK/PD et de l’optionnalité thérapeutique : la « résistance » colistine doit être corrélée au contexte, pas seulement au gène.