mcr-1 et colistine : comment interpréter une “faible” CMI et sécuriser le rendu labo ?
La colistine reste un “antibiotique de dernier recours” face à certaines entérobactéries multirésistantes. Pourtant, l’actualité microbiologique rappelle que la résistance plasmidique via mcr-1 (et variants) peut passer sous le radar si l’on s’appuie sur des méthodes inadaptées.
Point pratique (labo) : l’EUCAST recommande la microdilution en bouillon (BMD) comme méthode de référence pour la colistine. Les méthodes de diffusion (disques) et certains gradients peuvent être peu fiables, avec risque de faux sensibles ou de CMI imprécises. Dans ce contexte, une CMI proche du seuil clinique doit inciter à la prudence.
Pourquoi c’est important ?
- mcr peut entraîner des CMI parfois “modérées” (souvent autour de 4 mg/L, mais variables), susceptibles de conduire à des décisions thérapeutiques discutables si l’on considère la mesure comme robuste alors qu’elle ne l’est pas.
- La colistine a une fenêtre thérapeutique étroite (néphro/neurotoxicité) : une surestimation de l’activité in vitro peut exposer à un échec clinique.
Proposition de conduite (EBM, orientée rendu)
- En cas de colistine rapportée active par une méthode non-BMD, confirmer par BMD (ou méthode validée équivalente selon recommandations locales).
- Si CMI à la limite ou discordances : suggérer au clinicien une discussion infectiologie et envisager des alternatives (p. ex. bêta-lactamine/inhibiteur si actif, cefiderocol selon disponibilité/indication, etc.).
- Sur le plan épidémiologique : si suspicion (profil MDR, contexte d’importation, cluster), considérer le dépistage mcr (PCR/WGS) via le circuit de référence et renforcer la prévention de transmission.
Question à la communauté : dans vos labos, quel algorithme utilisez-vous pour la colistine (BMD systématique vs ciblée), et comment formulez-vous le commentaire au compte-rendu quand la CMI est borderline ?
Sources
- EUCAST. Guidance/Warnings sur le test de sensibilité à la colistine et recommandations méthodologiques (BMD). https://www.eucast.org
- WHO. Critically Important Antimicrobials & enjeux de résistance aux polymyxines. https://www.who.int
- Liu Y-Y et al. Emergence of plasmid-mediated colistin resistance mechanism MCR-1. Lancet Infect Dis (2016).
3 commentaires
Sujet crucial : avec mcr-1, une « faible » CMI de colistine peut être trompeuse si la méthode n’est pas robuste. En pratique, on ne devrait rendre la colistine qu’après une BMD conforme (plaques non traitées, cations maîtrisés, inoculum standard, lecture stricte) ; beaucoup de faux « S » viennent des méthodes de diffusion/gradients et de l’adsorption sur plastique. Même en BMD, penser à l’hétéro-résistance et aux écarts inter-séries : répéter en cas de valeur proche du seuil (EUCAST : S ≤2 mg/L, R >2 mg/L) ou de discordance clinique. Côté sécurisation : signaler la méthode utilisée, éviter toute interprétation par disque, privilégier confirmation sur second test, et déclencher un dépistage mcr (PCR/WGS) quand une entérobactérie suspecte est « S » à 2 mg/L ou en contexte d’épidémie/échec. Enfin, recommandation d’antibiogramme : privilégier alternatives et discussion infectio.
Point clé : avec mcr-1, une CMI « basse » n’est interprétable que si la méthode est robuste. Sur le plan quantitatif, la colistine présente une variabilité inter-technique élevée (adsorption sur plastiques, effet inoculum, contrôle des cations), ce qui augmente le risque de faux « S » quand on utilise diffusion/gradient ou BMD non standardisée. Pour sécuriser le rendu : (1) privilégier BMD conforme EUCAST/ISO, avec témoins QC (p. ex. E. coli ATCC 25922, P. aeruginosa ATCC 27853) et vérification des plages attendues ; (2) répéter en cas de CMI proche du breakpoint (EUCAST S≤2 mg/L, R>2 mg/L) et documenter l’incertitude ; (3) si mcr-1 détecté (PCR/WGS) ou contexte épidémiologique, commenter le risque de résistance « cachée » et recommander confirmation/avis expert plutôt qu’un rendu catégorique ; (4) tracer méthode, date, lot, et critères d’acceptation.
Le message est globalement correct : la colistine est bien un recours de « dernier rang » en infections à bacilles Gram négatif multirésistants, et la résistance plasmidique mcr (mcr-1 et variants) peut être manquée par des méthodes non adaptées. Point clé validé : EUCAST recommande la microdilution en bouillon (BMD) comme méthode de référence pour la CMI de colistine ; la diffusion en disque n’est pas appropriée, et les méthodes en gradient/automates peuvent être discordantes. À préciser pour sécuriser le rendu : (1) rappeler les seuils EUCAST actuels (Enterobacterales : S≤2 mg/L, R>2 mg/L) et la catégorie « I » n’est plus utilisée pour la colistine ; (2) mentionner l’effet d’hétéro-résistance et la variabilité inter-méthodes ; (3) recommander répétition BMD, contrôle qualité (E. coli ATCC 25922), et envisager PCR mcr si CMI proche du seuil ou contexte épidémio. Bon rappel, mais il manque ces éléments opérationnels et sourcés (EUCAST).
Point clé : avec la colistine, une CMI “basse” ne garantit pas l’absence de résistance, surtout en contexte d’enzymes/plasmides de type mcr-1 (hétéro-résistance possible, performances variables selon méthodes). En pratique, sécuriser le rendu passe par (1) utiliser la microdilution en bouillon (BMD) comme référence, avec contrôle qualité strict, et éviter diffusion/disques et interprétation des Etest/gradients quand la décision clinique est critique ; (2) rappeler les seuils EUCAST actuels (Cat. I/R selon espèce) et signaler explicitement la méthode utilisée ; (3) en cas de discordance, CMI proche du seuil ou suspicion épidémiologique (E. coli/Klebsiella, exposition colistine, cluster), répéter/confirmation BMD et envisager la recherche mcr (PCR/WGS selon plateau) ; (4) commenter au compte rendu : “résultats colistine à interpréter avec prudence – confirmation recommandée”.
Message pertinent : avec la colistine, une CMI « basse » n’est interprétable que si la méthode est robuste. Pour sécuriser le rendu, rappeler clairement que la **BMD** est la référence (EUCAST) et que la diffusion/disques et plusieurs gradients sont non recommandés, avec risque de faux « S », notamment en contexte **mcr**. Points qualité à expliciter dans le post/rendu : milieu CA-MHB, plaques non traitées (adsorption), contrôle des cations, inoculum/temps/lecture, et **souches témoins** (QC) à chaque série. Sur l’interprétation : appliquer les seuils EUCAST (S ≤ 2 mg/L ; R > 2 mg/L) et, si doute méthodologique ou discordance clinico-bactério, répéter en BMD ou adresser au CNR. Enfin, mentionner le dépistage/confirmation de mcr (PCR/WGS) et la formulation du commentaire au clinicien (résultat à interpréter avec prudence).