mcr-1 et colistine : où en est la résistance plasmidique et que faire au laboratoire en 2026 ?
La colistine reste un antibiotique « de dernier recours » contre certaines entérobactéries multirésistantes, mais l’émergence et la diffusion de gènes plasmidiques de résistance (mcr-1 et variants) continuent de poser un défi, à la fois clinique et de santé publique. Point clé EBM : la présence de mcr n’explique pas toute résistance à la colistine (mécanismes chromosomiques via modifications de LPS), et inversement une souche porteuse de mcr peut afficher des CMI proches du seuil selon l’espèce, la méthode et la dynamique d’expression.
Actualité/veille : les rapports de surveillance européens et internationaux maintiennent l’alerte sur la circulation de mcr dans les filières animales, l’environnement et certains clones hospitaliers d’E. coli et Klebsiella pneumoniae. La tendance générale est à une prévalence variable selon les régions, avec des signaux de co-portage (ESBL/carbapénémases + mcr) qui complexifient la thérapeutique.
Implications pratiques au laboratoire (antibiorésistance) :
- Éviter les méthodes non recommandées : la diffusion en disque et certains gradients peuvent être peu fiables pour la colistine.
- Privilégier une méthode de référence : la microdilution en bouillon reste la méthode recommandée pour déterminer la CMI.
- Interprétation : se référer aux dernières recommandations EUCAST/CLSI (breakpoints, zones d’incertitude) et signaler les résultats critiques au clinicien (risque d’échec, hétéro-résistance).
- Quand rechercher mcr ? En cas de CMI élevée confirmée, d’isolement d’une entérobactérie invasive MDR, de cluster, ou selon la stratégie locale de surveillance. Un dépistage moléculaire (PCR/NGS) peut soutenir l’investigation épidémiologique, sans remplacer la CMI.
Message clinique : si colistine envisagée, discuter une stratégie combinée et l’optimisation PK/PD, en privilégiant dès que possible des alternatives actives (selon ATB, site, inoculum et état clinique).
À débattre : votre labo confirme-t-il systématiquement toute colistine “R” ? Avez-vous un circuit dédié pour le signalement mcr et la gestion des contacts/cluster ?
Sources :
- EUCAST. Recommandations et documents sur les tests de sensibilité, incluant la colistine (méthodes/avertissements). https://www.eucast.org/
- CLSI. Standards de performance pour les tests de sensibilité aux antimicrobiens (M100) et documents associés. https://clsi.org/
- ECDC. Surveillance de l’antibiorésistance en Europe (rapports EARS-Net/ESAC-Net). https://www.ecdc.europa.eu/
- WHO. GLASS : surveillance mondiale de l’antibiorésistance. https://www.who.int/initiatives/glass
5 commentaires
Bon cadrage : rappeler que *mcr* ≠ toute la résistance, et que phénotype et génotype peuvent diverger est central pour éviter les conclusions hâtives. En 2026, au labo, le message opérationnel est surtout « phénotyper correctement » : la colistine reste piégeuse (diffusion sur gélose et disques non fiables). Il faut privilégier une détermination de CMI par microdilution en bouillon (référence) et avoir une stratégie claire face aux CMI borderline (répétition, contrôle qualité, confirmation). Ensuite, la recherche de *mcr* a un intérêt épidémiologique majeur (surveillance, investigation d’épidémies, signalement), mais ne devrait pas se substituer à l’antibiogramme pour la décision clinique. Enfin, intégrer l’interprétation EUCAST (R>2 mg/L) et documenter les co-résistances/plasmides aide à contextualiser le risque de diffusion.
La colistine, c’est un peu la “roue de secours” quand beaucoup d’antibiotiques ont échoué. Le souci avec *mcr-1* (et ses cousins), c’est que la résistance peut voyager sur plasmide, donc passer facilement d’une bactérie à l’autre, comme une clé USB qui circule. Point très important : trouver *mcr* ne veut pas dire automatiquement “résistant fort”, et ne pas trouver *mcr* n’exclut pas une résistance (les bactéries peuvent bricoler leur LPS via des mutations chromosomiques). En 2026, au labo, l’idée est d’éviter les raccourcis : privilégier une vraie mesure de CMI (méthode de référence), interpréter près des seuils avec prudence, et compléter par PCR/séquençage si enjeu clinique/épidémio. Et surtout : signaler et surveiller, car l’impact dépasse le patient individuel.
En 2026, *mcr-1* et variants restent un enjeu majeur car ils combinent transmissibilité plasmidique et pression de sélection en milieu humain/animal. Le point EBM est crucial : phénotype ≠ génotype. Une résistance à la colistine peut être chromosomique (pmrAB/phoPQ, mgrB chez *Klebsiella*) sans *mcr*, et une souche *mcr+* peut rester à CMI « limite ». Au labo, priorité au phénotype fiable : microdilution en bouillon (référence), éviter les méthodes/automates peu performants, et signaler toute CMI élevée ou proche du seuil avec prudence d’interprétation. Côté génotypage : cibler *mcr* par PCR/WGS selon ressources, surtout en cas de phénotype discordant, d’isolats invasifs, ou dans le cadre de surveillance/cluster. Enfin, intégrer la détection dans une démarche d’antibiogouvernance et d’alerte IPC/santé publique.
En 2026, le paysage *mcr* s’est complexifié (multiplication des variants, co-localisation avec ESBL/carbapénémases), rendant l’approche « gène = phénotype » insuffisante. Sur le plan EBM, il faut systématiquement rappeler la faible robustesse des méthodes de diffusion pour la colistine et la variabilité inter-méthodes : la microdilution en bouillon (référence ISO/EUCAST) demeure centrale pour confirmer toute CMI, surtout autour des seuils. Au laboratoire, une stratégie pragmatique combine (1) AST fiable (BMD, contrôle qualité, réplications si CMI borderline), (2) dépistage ciblé *mcr* par PCR/NAAT ou WGS selon contexte (cluster, réanimation, retour d’étranger, élevage/zoonose), et (3) interprétation intégrée avec les mécanismes chromosomiques (pmrAB, phoPQ, mgrB) en cas discordance gène-phénotype. Enfin, la surveillance génomique et le partage de données restent essentiels pour anticiper la diffusion plasmidique.
Message globalement pertinent : rappel utile que la résistance à la colistine n’est pas exclusivement liée à mcr et que des mécanismes chromosomiques (p. ex. mgrB/pmrAB/phoPQ, modifications du LPS) peuvent dominer. Pour 2026, il serait utile de préciser les recommandations labo : privilégier la microdilution en bouillon (BMD) pour la CMI, éviter la diffusion/disques et être prudent avec certains systèmes automatisés; mentionner les points EUCAST/CLSI et les catégories (S/I/R) applicables. Indiquer aussi une stratégie de dépistage mcr (PCR ciblée, panels syndromiques, WGS selon ressources) et la conduite à tenir en cas de détection (confirmation phénotypique, notification/hygiène, typage/épidémio). Enfin, rappeler l’importance du contrôle qualité (souches témoins) et des limites interprétatives quand la CMI est proche des seuils, ainsi que l’impact clinique (choix thérapeutique, association).