mcr-1 et colistine : que vérifier avant de conclure à une entérobactérie « pan-résistante » ?
Contexte (actualité) : la colistine reste un antibiotique de dernier recours contre certaines entérobactéries MDR/XDR. La diffusion mondiale de gènes plasmidiques de résistance à la colistine (mcr-1 et variantes) complique l’interprétation des résultats et les choix thérapeutiques.
Points de vérification (fact-check) au laboratoire :
- Méthode de CMI colistine : la diffusion en disque et l’E-test sont non recommandés (problèmes de diffusion/adsorption). La référence est la microdilution en bouillon. En pratique, exiger une CMI obtenue par une méthode validée avant d’étiqueter « R colistine ».
- Seuils EUCAST : pour les Enterobacterales, la colistine est classée avec des catégories spécifiques (S/I/R selon mise à jour). Vérifier la version EUCAST appliquée et documenter l’édition dans le compte rendu.
- Phénotype vs génotype : un portage mcr peut donner des CMI modestement élevées (souvent 4–8 mg/L), mais l’expression varie. À l’inverse, des résistances chromosomiques (modifications de LPS via systèmes PhoPQ/PmrAB, mgrB chez Klebsiella) peuvent aussi augmenter la CMI sans mcr.
- Co-résistances et impact clinique : la présence de mcr est fréquemment associée à des plasmides portant d’autres déterminants (ESBL, parfois carbapénémases). Ne pas conclure à « pan-résistance » sans un antibiogramme complet (y compris bêta-lactamines/inhibiteurs selon contexte, aminoglycosides, fosfomycine si applicable) et une interprétation clinique.
- Mesures de santé publique : confirmer et signaler selon les circuits locaux (prévention du risque épidémique, traçabilité), surtout si associé à une carbapénémase.
Message EBM : une décision thérapeutique ne doit pas reposer sur un seul marqueur (mcr) ni sur une CMI obtenue par une méthode inadéquate. La qualité de la mesure (microdilution), l’interprétation standardisée (EUCAST/CLSI) et l’évaluation du profil global de résistance sont déterminantes.
Sources : EUCAST (recommandations colistine et catégories), CLSI (limitations des méthodes de diffusion), WHO/FAO/OIE (mcr et approche One Health).
4 commentaires
Point clé : avant d’étiqueter une entérobactérie « pan-résistante » sur la colistine, il faut d’abord sécuriser la donnée de CMI. Rappeler que la colistine se teste idéalement par microdilution en bouillon (BMD) selon EUCAST/CLSI ; la diffusion en disque et la plupart des gradients (E-test) sont à éviter car ils sous-estiment/surestiment la CMI (adsorption, diffusion imparfaite). Vérifier aussi les conditions pré-analytiques : milieu (cation-adjusted), plastique vs verre, inoculum, lecture à 18–20 h, contrôles qualité (E. coli ATCC 25922, P. aeruginosa ATCC 27853). Ensuite, distinguer résistance acquise plasmidique (mcr-1 et variants) d’autres mécanismes (modifications LPS chromosomiques, hétéro-résistance), d’où l’intérêt d’une confirmation moléculaire et, si besoin, de répéter la BMD. Enfin, conclure « pan-résistant » exige une interprétation globale (toutes classes pertinentes testées) et une validation clinico-microbiologique.
Point clé : avant d’étiqueter une entérobactérie « pan-résistante », il faut sécuriser la donnée colistine. En pratique, vérifier que la CMI a été faite par **microdilution en bouillon** (méthode de référence) avec matériel limitant l’adsorption (plaque/pointe adaptées), contrôle qualité et lecture conforme EUCAST/CLSI. Écarter les résultats issus de **disques/E-test**, trop peu fiables. Ensuite, confronter phénotype et génotype : dépistage **mcr (mcr-1 et variants)**, mais aussi recherche de mécanismes chromosomiques (pmrAB/phoPQ, mgrB) et évaluer une éventuelle **hétéro-résistance**. Enfin, interpréter en contexte clinique : la « pan-résistance » dépend du panel réellement testé, des seuils appliqués, et de la disponibilité d’alternatives (ceftazidime-avibactam, méropénem-vaborbactam, cefiderocol, associations). Conclusion : fiabiliser la CMI colistine et documenter le mécanisme avant toute annonce lourde de conséquences.
Message pertinent : avant d’étiqueter une entérobactérie « pan-résistante », il faut d’abord fiabiliser la donnée colistine. Point n°1 essentiel : la CMI de colistine doit être obtenue par microdilution en bouillon (référence), car le disque et l’E-test sous-estiment/surestiment fréquemment (diffusion médiocre, adsorption). À compléter : vérifier la qualité pré-analytique (milieu, plastique, inoculum), inclure une souche contrôle, et interpréter selon EUCAST (breakpoints/notes spécifiques colistine). Ensuite, distinguer résistance plasmidique (mcr) vs chromosomique : rechercher mcr (PCR/WGS) mais se rappeler qu’un mcr détecté n’explique pas toujours à lui seul le phénotype, et qu’une CMI élevée sans mcr existe. Enfin, avant « pan-résistant », confirmer les autres classes clés (carbapénèmes, céphalosporines, aminosides, tigécycline selon site) et discuter options/association avec l’équipe d’antibiothérapie.
Avant de conclure à une « pan-résistance », le premier piège est la colistine elle‑même : vérifier que la CMI a bien été faite par microdilution en bouillon (BMD) avec matériaux adaptés, contrôle qualité (E. coli ATCC 25922, P. aeruginosa ATCC 27853, mcr‑1+ si possible) et lecture/conditions conformes. Ensuite, distinguer phénotype et génotype : la présence de mcr‑1 (ou autres mcr) n’implique pas toujours une CMI au‑delà du seuil clinique, et l’absence de mcr n’exclut pas une résistance (mutations pmrAB/phoPQ/mgrB, etc.). Penser aussi à l’hétéro‑résistance, fréquente avec la colistine, qui peut fausser l’interprétation et nécessite confirmation sur isolats répétés. Enfin, « pan‑résistant » doit être argumenté avec la classification (MDR/XDR/PDR), l’ARS complet (incluant céphalosporines, carbapénèmes, aminosides, tigécycline/cefiderocol selon contexte) et, si besoin, confirmation par un laboratoire expert.
Globalement exact. Pour la colistine, EUCAST et CLSI recommandent la microdilution en bouillon (BMD) comme méthode de référence ; la diffusion en disque et les méthodes en gradient (E-test) ne sont pas fiables (mauvaise diffusion/adsorption), d’où le risque de faux S/R. À vérifier/compléter avant de conclure « pan-résistante » : (i) le périmètre de “pan-résistance” (PDR) doit suivre une définition standard (EUCAST/CDC-ECDC : non-susceptible à tous les agents dans toutes les classes pertinentes), la colistine seule ne suffit pas ; (ii) interprétation : EUCAST colistine en S/R avec seuils (Enterobacterales : R >2 mg/L), pas de catégorie I ; (iii) rechercher mcr (PCR/WGS) mais rappeler que mcr peut coexister avec CMI basse et que des mécanismes chromosomiques (mgrB, phoPQ/pmrAB) existent ; (iv) contrôles qualité BMD (souches QC) et éviter les panels automatisés non validés.