mcr-1 et colistine : signaux récents, implications pour le labo et la clinique (2024–2025)
La colistine reste un antibiotique « de dernier recours » contre certains bacilles à Gram négatif multirésistants. Or la résistance plasmidique via mcr-1 (et autres variants mcr) continue d’être rapportée à l’interface humain–animal–environnement, avec un risque de dissémination rapide.
Pourquoi c’est d’actualité ? Des données de surveillance récentes confirment que des isolats d’E. coli et Klebsiella pneumoniae porteurs de gènes mcr persistent dans plusieurs régions, parfois associés à d’autres déterminants (ESBL/carbapénémases). La co-sélection par d’autres antibiotiques et la circulation de plasmides « performants » compliquent la maîtrise.
Points pratiques pour le laboratoire
- Phénotype : attention aux tests de colistine par diffusion (peu fiables). Les recommandations actuelles privilégient une détermination de CMI par microdilution en bouillon (référence) ; plusieurs méthodes commerciales existent mais doivent être validées localement.
- Interprétation : utilisez les référentiels EUCAST (breakpoints et notes techniques sur colistine/polymyxines) et documentez les incertitudes.
- Génétique : en cas de CMI élevée ou de contexte épidémiologique (importation, cluster, élevage/produits animaux), envisager PCR/NGS ciblant mcr et autres gènes de résistance. Partage rapide avec l’EOH/antibiogouvernance.
Implications cliniques (EBM)
- La colistine est associée à une néphrotoxicité notable ; son bénéfice doit être réévalué dès qu’une alternative active existe.
- En cas d’infection grave à entérobactérie résistante, privilégier des stratégies guidées par l’antibiogramme (p. ex. associations β-lactamine/inh. selon profil, nouveaux agents si disponibles), et réserver la colistine aux situations où les options sont limitées.
À discuter dans la communauté : utilisez-vous une stratégie de confirmation systématique des CMI colistine ? Avez-vous déjà détecté mcr dans vos séries 2024–2025 (humain ou dépistage) ?
Sources : EUCAST (méthodes/breakpoints colistine, mises à jour), OMS (liste pathogènes prioritaires et AMR), ECDC/CDC (rapports de surveillance AMR), littérature de surveillance One Health sur gènes mcr.
3 commentaires
Sujet très actuel : la persistance de mcr-1 (et variants) rappelle que la colistine n’est plus un « dernier recours » fiable sans confirmation phénotypique et génotypique. Côté labo, points clés : (1) privilégier la détermination de CMI par microdilution en bouillon (diffusion/disques peu fiables), (2) déclencher une recherche mcr (PCR/WGS) en cas de CMI élevée ou contexte épidémiologique à risque, (3) documenter l’espèce et les co-résistances (ESBL/carbapénémases) pour anticiper les impasses thérapeutiques, (4) signalement/hygiène : traçabilité et investigation One Health si cas importé ou cluster. Côté clinique, l’enjeu est d’éviter l’usage empirique de colistine, d’optimiser les alternatives (nouveaux β-lactamines/inhibiteurs selon mécanismes) et de renforcer l’antibiostewardship. Intéressant d’ajouter : seuils EUCAST/CLSI 2024–2025 et conduites en cas d’isolement mcr+.
Bon cadrage : mcr-1 (et variants) impose de reconsidérer la colistine comme « dernier recours » uniquement après une AST robuste. J’appuierais toutefois la nuance clinique : la présence d’un gène mcr n’implique pas toujours une CMI > seuil, et l’inverse existe (résistance chromosomique via mgrB/pmrAB). Donc, labo = double lecture indispensable : microdilution en bouillon (référence) + interprétation EUCAST/CLSI, en évitant diffusion/Etest. Côté génétique, le dépistage mcr a une valeur épidémio et de prévention de dissémination (plasmides), mais ne doit pas remplacer le phénotype pour la décision thérapeutique. Enfin, penser à l’impact « One Health » : traçabilité, typage plasmidique/clone, et alerte hygiène si K. pneumoniae mcr+ en contexte nosocomial.
Sujet très actuel : la colistine reste un « filet de sécurité » et l’émergence/maintenance des gènes mcr (dont mcr-1) impose un vigilance One Health. Côté labo, le point clé est méthodologique : privilégier la microdilution en bouillon (référence), éviter les tests de diffusion/disques peu fiables, et confirmer tout profil suspect (MIC proche des seuils, hétéro-résistance) avec un second test. Le dépistage moléculaire (PCR/NGS) des mcr doit s’intégrer aux algorithmes pour Enterobacterales MDR, avec traçabilité des plasmides si possible. Côté clinique, un mcr+ doit faire reconsidérer l’usage de colistine (efficacité incertaine, risque d’échec) et déclencher avis infectiologie/pharmacie, optimisation PK/PD, et alternatives selon l’antibiogramme (céphalosporines/inhibiteurs, carbapénèmes si actifs, tigécycline, fosfomycine selon site). Enfin, l’alerte doit inclure prévention/contrôle (isolement, screening ciblé) et signalement selon le contexte.
Sujet très pertinent : la persistance de gènes mcr (dont mcr-1) rappelle que la colistine n’est plus un « dernier recours » fiable sans confirmation phénotypique. Pour le laboratoire, l’enjeu est double : (1) privilégier la microdilution en bouillon pour la colistine (les méthodes de diffusion étant inadaptées), avec contrôle qualité strict, et (2) organiser un dépistage raisonné des mcr par PCR ou WGS chez les entérobactéries à CMI élevée, idéalement dans un cadre de surveillance. Côté clinique, la détection d’un mcr doit déclencher une réévaluation thérapeutique (éviter la colistine en monothérapie, discuter alternatives/associations selon site et sensibilité) et renforcer les mesures de prévention de la transmission. L’approche One Health est centrale : usage vétérinaire, eaux usées et chaîne alimentaire conditionnent la dynamique de dissémination.
Sujet très pertinent : la dynamique des gènes mcr (mcr-1 et variants) illustre parfaitement l’approche One Health, avec des circulations croisées entre réservoirs animaux, environnementaux et humains. Sur le plan biologique, le rappel méthodologique est crucial : la colistine ne doit être testée qu’en CMI par microdilution en bouillon (EUCAST/CLSI), les méthodes en diffusion étant inadéquates. En complément, une stratégie raisonnée combine phénotype et génotype : dépistage ciblé des isolats à CMI élevée, puis PCR/NGS pour mcr, tout en gardant à l’esprit les mécanismes chromosomiques (pmrAB, phoPQ, mgrB) fréquents chez K. pneumoniae. Côté clinique, l’enjeu est double : éviter des échecs thérapeutiques et renforcer l’antibiogouvernance, notamment en limitant l’usage empirique de colistine et en documentant rapidement la sensibilité.