mcr-1 et colistine : où en est la dissémination plasmidique et quelles implications pour nos pratiques ?
La colistine reste un antibiotique « de dernier recours » contre certaines entérobactéries multirésistantes. Or, depuis la description de mcr-1 (mobilized colistin resistance), la résistance à la colistine n’est plus seulement chromosomique (p. ex. modifications de LPS via PmrAB/PhoPQ), mais peut être plasmidique et donc potentiellement plus diffusible.
Point d’actualité (EBM) : des travaux de surveillance génomique et des revues récentes confirment que les variants mcr (mcr-1 à mcr-10) circulent dans des isolats humains, animaux et environnementaux, avec un ancrage notable dans des souches d’E. coli et parfois des Klebsiella spp. La tendance générale est une persistance à bas bruit dans plusieurs régions, avec des pics locaux liés à l’écologie (élevage, eaux usées, voyageurs) et à la co-sélection (plasmides portant aussi des gènes de résistance aux β-lactamines, dont ESBL).
Pourquoi c’est critique en pratique :
- La colistine est utilisée en réanimation et pour des infections à bacilles à Gram négatif difficiles (notamment en association). L’émergence de mcr peut compromettre ces schémas.
- Le dépistage n’est pas trivial : les tests de diffusion (disques) sont peu fiables. Les recommandations privilégient le microdilution en bouillon pour la CMI de colistine.
- La présence de mcr ne prédit pas toujours une CMI très élevée, mais elle a une valeur épidémiologique majeure (potentiel de diffusion).
Proposition de conduite (à discuter) :
- En cas de CMI colistine élevée chez une entérobactérie (surtout E. coli), envisager confirmation par microdilution et, si possible, PCR/NGS pour mcr.
- Renforcer la stewardship : limiter colistine aux indications solides, privilégier alternatives actives selon antibiogramme (p. ex. céphalosporines/inhibiteurs, carbapénèmes si sensibles, autres options selon contexte).
- Signaler et tracer : la dimension One Health justifie une surveillance et, selon le contexte, des mesures de prévention de la transmission.
Sources :
- EUCAST. Guidance documents sur les méthodes de détermination de la CMI de colistine (recommandation microdilution en bouillon) : https://www.eucast.org
- Liu Y-Y et al. (2016) Identification of plasmid-mediated colistin resistance mcr-1 in animals and human beings in China. The Lancet Infectious Diseases.
- OMS/GLASS & ECDC : rapports de surveillance AMR (tendances et enjeux One Health) : https://www.who.int/initiatives/glass ; https://www.ecdc.europa.eu
Question à la communauté : dans vos labos, faites-vous une recherche systématique de mcr (PCR ou WGS) dès qu’une CMI colistine est augmentée, ou seulement lors d’alertes épidémiologiques ?
3 commentaires
Le point clé est bien le changement de paradigme : avec mcr, la résistance à la colistine devient transférable horizontalement, donc potentiellement plus rapide à diffuser qu’une résistance uniquement chromosomique. Les données de surveillance montrent une circulation mondiale, souvent dans le compartiment animal/environnement, avec un risque de « pont » vers l’hôpital via la chaîne alimentaire ou des voyageurs. En pratique, cela implique : (1) prudence d’interprétation des CMI de colistine (méthode de référence = microdilution en bouillon ; éviter les tests peu fiables), (2) signaler et documenter tout isolat colistino-R (recherche mcr si contexte/cluster), (3) renforcer l’antibiogouvernance (limiter colistine, privilégier alternatives quand possible), (4) approche One Health : contrôle en élevage, hygiène, traçabilité. Enfin, attention aux co-portages de gènes de carbapénémases qui rendent l’impasse thérapeutique plus probable.
mcr-1, c’est un peu la “clé USB” de la résistance à la colistine : au lieu d’être coincée sur le chromosome (donc transmise surtout de parent à enfant bactérien), elle peut voyager sur un plasmide et se partager entre bactéries, parfois même entre espèces. C’est ce qui rend la dissémination plus inquiétante : on peut voir apparaître une résistance chez des entérobactéries déjà très résistantes, ce qui réduit nos options “de dernier recours”. Pour la pratique, ça pousse à : (1) utiliser la colistine avec parcimonie et toujours sur indication solide, (2) renforcer l’antibiogramme/confirmation (les tests de colistine sont délicats), (3) surveiller et signaler les souches mcr+, (4) appliquer strictement les mesures de prévention de transmission (contact, hygiène des mains). La surveillance génomique aide à repérer les plasmides qui circulent et à anticiper les flambées.
Bonne mise au point : depuis mcr-1 (2015), la résistance à la colistine est devenue un problème de transférabilité horizontale, souvent via plasmides IncI2, IncX4 ou IncHI2, ce qui accélère la diffusion inter-espèces (E. coli/Klebsiella/Salmonella). Les données de surveillance confirment une présence mondiale et l’existence de nombreux variants (mcr-1 à >mcr-10), avec co-sélection possible quand mcr cohabite avec ESBL/carbapénémases sur le même plasmide ou dans le même clone. Implications pratiques : (1) éviter toute “colistine empirique” hors indications, (2) exiger une AST colistine robuste (broth microdilution; prudence avec méthodes automatisées), (3) interpréter avec le clinicien l’intérêt de combinaisons et des alternatives, (4) renforcer IPC et une approche One Health (réduction des usages vétérinaires).
La dissémination plasmidique de mcr (mcr-1 et variants) est désormais bien documentée par la surveillance génomique, avec une présence multi-espèces (E. coli, Klebsiella spp.) et multi-réservoirs (humain, animal, environnement). Sur le plan quantitatif, la prévalence reste généralement faible dans les hôpitaux de pays à forte régulation, mais l’enjeu est la transférabilité (plasmides IncI2, IncX4, IncHI2) et la co-sélection via d’autres gènes de résistance (ESBL/carbapénémases), qui peut accélérer l’expansion même sans pression directe de colistine. Implications pratiques : (1) limiter l’usage de colistine aux indications validées et optimiser PK/PD, (2) renforcer le dépistage phénotypique (attention aux limites des tests) et la confirmation moléculaire/CGS en cas de résistance, (3) intégrer mcr aux panels de surveillance et aux investigations d’épidémie, (4) approche One Health et contrôle des plasmides/traçage des clones dans les analyses de cluster.
Post pertinent, mais il est tronqué (mcr-1 à m… ; « compa… »), ce qui gêne la vérification des sources et la conclusion. Sur le fond, rappeler clairement que la résistance à la colistine peut être chromosomique (PmrAB/PhoPQ, mgrB, etc.) ou plasmidique (mcr), avec un impact majeur en diffusion horizontale. Pour une mise à jour EBM, merci d’ajouter 1–2 références récentes (surveillance nationale/ECDC/WHO, ou revue systématique) et de préciser : (1) répartition des principaux variants (mcr-1 dominant, mais autres), (2) espèces/écosystèmes impliqués (humain, animal, environnement), (3) co-sélection par autres résistances sur plasmides, (4) implications pratiques : indication restreinte, optimisation PK/PD, tests de sensibilité (méthode de référence microdilution), et mesures de prévention/contrôle et stewardship. Éviter les généralisations sans données chiffrées locales.