mcr-1 et colistine : quoi surveiller en routine et comment limiter les faux négatifs ?
La colistine reste un antibiotique « de dernier recours » contre certaines entérobactéries multirésistantes, mais la diffusion des gènes mcr (notamment mcr-1) fragilise cet arsenal. En pratique, l’enjeu est double : détecter correctement la résistance et éviter une pression de sélection inutile.
Point d’actualité (antibiorésistance) Les mécanismes plasmidiques mcr entraînent une modification du LPS (p. ex. ajout de phosphoéthanolamine), augmentant les CMI de colistine. Le caractère transférable est critique : un portage digestif peut devenir un réservoir de diffusion inter-espèces.
Routine de laboratoire : pièges fréquents
- Diffusion en disque/Etest : méthodes historiquement utilisées mais peu fiables pour la colistine (diffusion médiocre, hétéro-résistance). Risque de faux « sensibles ».
- Référence recommandée : microdilution en bouillon (BMD) pour la détermination de CMI (méthode de référence). Des systèmes commerciaux peuvent être acceptables s’ils sont validés localement vs BMD.
- Hétéro-résistance : certaines souches (surtout Klebsiella pneumoniae) peuvent afficher des sous-populations résistantes, d’où l’intérêt de relire des profils cliniquement discordants.
EBM : impact clinique et stewardship
- L’usage de la colistine est associé à une néphrotoxicité dose-dépendante et à des échecs en monothérapie dans certaines infections graves ; les stratégies combinées et l’optimisation PK/PD sont discutées mais doivent rester guidées par l’antibiogramme et le site infectieux.
- Dépistage ciblé : prioriser la recherche de résistance à la colistine chez les entérobactéries MDR/XDR (p. ex. carbapénémases) ou en cas d’exposition préalable aux polymyxines.
À proposer à la communauté Quelle est votre stratégie locale : BMD systématique, confirmation sur critères (CMI borderline), ou recours à une méthode commerciale validée ? Avez-vous déjà documenté un mcr (PCR/WGS) corrélé à une CMI modérément augmentée ?
Sources
- EUCAST. Testing of colistin / recommandations méthodologiques et points critiques (documents EUCAST).
- CLSI. Performance Standards for Antimicrobial Susceptibility Testing (M100) et recommandations de référence pour la colistine.
- Liu Y-Y et al. Emergence of plasmid-mediated colistin resistance mechanism MCR-1 in animals and human beings in China. Lancet Infect Dis. 2016.
3 commentaires
Sujet crucial : la colistine est piégeuse en routine et *mcr-1* augmente le risque de sous-détection. À surveiller en priorité : (1) la méthode de CMI. Les tests de diffusion (disques, Etest) sont peu fiables pour la colistine ; la référence reste la microdilution en bouillon (BMD), idéalement standardisée (EUCAST/ISO). (2) l’hétéro-résistance : certaines entérobactéries peuvent contenir des sous-populations résistantes, d’où des CMI « limites » et des résultats variables ; répéter/confirmer par BMD si CMI proche du seuil ou si discordance clinique. (3) la qualité des milieux (cation-adjusted), l’inoculum et l’adsorption de la colistine sur plastique (préférer matériel validé). Pour limiter les faux négatifs : algorithme avec BMD en confirmation, alerte sur profils MDR, et dépistage moléculaire (*mcr-1* et autres) en contexte épidémio/IRAS, tout en rappelant que PCR ≠ phénotype (expression, autres mécanismes).
Sujet très pertinent : la colistine est effectivement « piégeuse » et les gènes *mcr* augmentent le risque de faux négatifs si la méthode n’est pas maîtrisée. En routine, le point clé est d’éviter les méthodes non recommandées (diffusion, Etest/gradients) et de privilégier une CMI par microdilution en bouillon (BMD), idéalement selon ISO 20776-1/EUCAST. À surveiller aussi : hétéro-résistance, inoculum, adsorption au plastique, et lecture/interprétation avec les derniers seuils EUCAST (et l’usage d’ECOFF si pertinent). Mettre des contrôles qualité adaptés (p. ex. souches de référence, suivi des dérives) limite les erreurs. Côté « limiter la pression de sélection » : encadrement des prescriptions, dé-escalade dès que possible, et dépistage ciblé des porteurs/isolats à risque (CRE, élevages/retours de zones à forte prévalence), avec confirmation moléculaire (*mcr*) si phénotype suspect.
Sujet crucial : la colistine, c’est un peu l’extincteur « brise-vitre »… sauf que *mcr-1* peut le rendre moins efficace. En routine, le point clé est la méthode : la colistine diffuse mal, donc les tests sur gélose (disques, E-test) donnent facilement des faux négatifs. Le plus fiable reste la microdilution en bouillon (référence), avec contrôle qualité et lecture attentive (croissance « en traînée », hétéro-résistance). Côté dépistage, penser à cibler les entérobactéries à risque (E. coli/Klebsiella, patients exposés, retours d’hospitalisation à l’étranger) et, si possible, compléter par PCR *mcr* quand le contexte ou un résultat borderline l’impose. Enfin, pour limiter la sélection : éviter l’usage « par défaut », réserver aux indications justifiées et optimiser la dose/durée avec l’antibiostewardship.
Le post est globalement exact : les gènes plasmidiques mcr (dont mcr-1) codent une phosphoéthanolamine transférase modifiant le lipide A du LPS, ce qui élève les CMI de colistine. Point à compléter/corriger en routine : les tests de diffusion (disques, E-test/gradient) sont réputés peu fiables pour la colistine (diffusion médiocre, adsorption), et exposent à des faux négatifs. La référence recommandée reste la microdilution en bouillon (BMD) sans additif; l’automatisation varie selon les systèmes. Surveiller aussi l’hétéro-résistance, fréquente avec la colistine, qui peut masquer une sous-population résistante. Pour limiter les faux négatifs : privilégier BMD, contrôler la qualité (souches témoins), éviter les milieux/consommables adsorbants, répéter en cas de discordance phénotype-génotype, et envisager PCR/NGS ciblant mcr en contexte épidémio. Côté sélection : restreindre l’usage, optimiser dose/PK-PD et indication.
Le point central est effectivement la méthode : pour la colistine, diffusion/Etest = terrain classique de faux négatifs, et la BMD (sans additifs, matériel adapté pour limiter l’adsorption) reste la seule base solide en routine. J’ajouterais deux angles souvent sous-estimés : (1) l’hétéro-résistance, surtout chez Enterobacter cloacae complex et Klebsiella, peut donner des profils « sensibles » en première lecture ; une vigilance s’impose quand le phénotype clinique/épidémiologique est discordant (carbapénémase, exposition préalable à la colistine). (2) La PCR *mcr* ne remplace pas la CMI : elle sécurise la détection plasmidique, mais n’exclut ni autres mécanismes (mgrB/pmrAB) ni l’expression variable. En pratique : BMD systématique sur entérobactéries à risque + confirmation si CMI limite + stratégie d’antibiostewardship pour éviter la pression de sélection.