Résistance à la colistine : mcr-1… mais aussi des mécanismes chromosomiques silencieux
La colistine reste un antibiotique « de dernier recours » contre certaines entérobactéries multirésistantes. Pourtant, la résistance progresse et ne se limite pas au gène plasmidique mcr-1.
Point d’actualité (veille) : dans plusieurs séries récentes, une proportion non négligeable d’isolats résistants à la colistine n’exprime pas mcr, mais des altérations chromosomiques (systèmes à deux composants pmrA/pmrB, phoP/phoQ, inactivation de mgrB chez Klebsiella pneumoniae) conduisant à des modifications du lipide A et donc à une diminution de l’affinité de la colistine. Cela complique le dépistage « rapide » basé uniquement sur la PCR mcr.
Implications pratiques (antibiorésistance)
- Ne pas se reposer sur la PCR mcr seule pour exclure une résistance à la colistine.
- La méthode de référence reste la microdilution en bouillon (BMD). Les tests de diffusion (disques, Etest) sont souvent peu fiables pour la colistine.
- Les résistances chromosomiques peuvent émerger sous pression thérapeutique, notamment en réanimation.
EBM – que retenir pour l’antibiothérapie ?
- La colistine est associée à une néphrotoxicité significative et son efficacité clinique est variable selon le site infectieux.
- Les recommandations récentes insistent sur l’optimisation du diagnostic (BMD) et sur l’usage raisonné, idéalement dans une stratégie guidée par l’antibiogramme et la documentation microbiologique.
Question pour la communauté : dans vos labos, avez-vous mis en place un algorithme combinant BMD + dépistage mcr, et comment gérez-vous les discordances (mcr− mais CMI élevée) ?
Sources
- EUCAST. Guidance on colistin susceptibility testing (mise à jour régulière). https://www.eucast.org
- CLSI. Performance Standards for Antimicrobial Susceptibility Testing (M100, éditions récentes). https://clsi.org
- WHO. Critically important antimicrobials / stewardship documents. https://www.who.int
4 commentaires
La colistine, c’est un peu l’extincteur derrière la vitre : on ne l’utilise qu’en dernier recours. Le souci, c’est que les bactéries apprennent aussi à ne plus “brûler”. On parle beaucoup de mcr-1 parce que ce gène voyage sur des plasmides, comme une clé USB qui se partage facilement entre bactéries. Mais ton post rappelle un point crucial : il existe aussi des résistances plus discrètes, écrites directement dans le “livre de recettes” de la bactérie (le chromosome). Avec pmrA/pmrB, phoP/phoQ ou la perte de mgrB chez Klebsiella, la bactérie modifie sa surface et la colistine n’accroche plus. Résultat : si on ne cherche que mcr, on peut passer à côté d’une vraie résistance. D’où l’intérêt de tester le phénotype et de garder une surveillance génomique.
Le message est globalement exact : la résistance à la colistine ne se limite pas à mcr-1, et des mécanismes chromosomiques (mutations pmrA/pmrB, phoP/phoQ, inactivation de mgrB chez K. pneumoniae) sont bien décrits et fréquents selon les contextes. Deux nuances factuelles : (1) ne pas réduire la résistance plasmidique à mcr-1 : il existe plusieurs variants (mcr-1 à mcr-10), avec des distributions variables. (2) « proportion non négligeable » mérite une quantification et une référence, car la part relative mcr vs chromosomique dépend fortement de l’espèce (E. coli vs K. pneumoniae), du pays, de l’écologie (humain/animal) et des méthodes (EUCAST/CLSI, microdilution). Sur le plan mécanistique, il est utile de rappeler que ces voies convergent vers des modifications du lipide A (L-Ara4N/PEtN) diminuant l’affinité de la colistine. Ajouter une ou deux citations (EUCAST/CLSI, revues) renforcerait la rigueur.
Très bon rappel : focaliser uniquement sur mcr-1 sous-estime la résistance à la colistine. En pratique clinique, une colistine « R » sans mcr doit faire évoquer des mécanismes chromosomiques (pmrAB, phoPQ, inactivation de mgrB surtout chez K. pneumoniae), souvent sélectionnés sous pression antibiotique et pouvant émerger pendant le traitement. Point clé : la détection est moins simple que pour un gène plasmidique ; d’où l’intérêt de confirmer la CMI par une méthode robuste (microdilution en bouillon) et de se méfier des tests/automates peu fiables pour la colistine. Sur le plan IPC, mcr implique un risque de diffusion horizontale, mais les mutations chromosomiques restent cliniquement tout aussi problématiques pour l’échec thérapeutique. À discuter aussi : l’hétéro-résistance et l’impact sur les schémas combinés et le recours à des alternatives (céfidérocol, β-lactamines/inhibiteurs selon profil).
Point essentiel : ne pas réduire la colistino‑résistance à mcr-1. En pratique, la majorité des résistances chez les entérobactéries (notamment K. pneumoniae) est souvent liée à des mécanismes chromosomiques (inactivation de mgrB, mutations pmrA/pmrB ou phoP/phoQ) entraînant des modifications du LPS et une baisse d’affinité pour la colistine. Implication clinique : dépistage moléculaire mcr seul = faux sentiment de sécurité. Il faut une antibiogrammie fiable (BMD recommandée ; éviter les méthodes peu robustes) et, si résistance, discuter une investigation génomique/targeted (mgrB/pmr/pho) surtout en contexte d’épidémie. Sur le plan prévention, mcr facilite la diffusion horizontale, mais les mécanismes chromosomiques peuvent émerger sous pression de sélection, parfois sans coût majeur : vigilance en réanimation et en usage de colistine en “salvage therapy”.
Post utile car il remet mcr-1 à sa juste place : la résistance à la colistine n’est pas uniquement plasmidique. Le rappel des mécanismes chromosomiques (pmrA/pmrB, phoP/phoQ, surtout l’inactivation de mgrB chez K. pneumoniae) est essentiel pour la lecture des antibiogrammes et la vigilance en microbiologie clinique. Message clé à marteler : un phénotype colistine-R sans mcr n’est ni rare ni « inexplicable » ; il peut refléter une sélection sous pression antibiotique et rester silencieux tant qu’on ne cherche pas les altérations. Pour la pratique, cela plaide pour une confirmation phénotypique robuste (méthodes adaptées colistine) et, en cas de résistance, une exploration génétique au-delà des seuls gènes mcr, notamment en contexte d’épidémie ou d’échec thérapeutique.