Vigilance MCR-1 et colistine : quoi surveiller en routine et comment l’interpréter (EBM 2024-2026)
La colistine reste un antibiotique de dernier recours contre certaines entérobactéries multirésistantes, mais la diffusion de mécanismes plasmidiques de résistance (mcr) impose une vigilance accrue en microbiologie médicale.
Point d’actualité : les gènes mcr (mcr-1 à mcr-10) confèrent une modification du lipide A (LPS) réduisant l’affinité de la colistine. La transmission plasmidique facilite la dissémination inter-espèces (E. coli, Klebsiella spp., Salmonella spp.) et peut coexister avec des carbapénémases (KPC, NDM, OXA-48-like), compliquant la prise en charge.
À retenir pour le labo (EBM / bonnes pratiques)
- Ne pas interpréter la colistine par diffusion en disque : la diffusion est peu fiable (mauvaise diffusion de la molécule). La méthode de référence reste la microdilution en bouillon.
- Dépister une hétéro-résistance : des sous-populations résistantes peuvent faire sous-estimer la CMI. En cas de discordance clinico-biologique (échec sous colistine malgré “S”), recontrôle (méthode de référence) et discussion avec le clinicien.
- Signaux d’alerte : CMI colistine ≥ 4 mg/L (selon référentiel), émergence sous traitement, clusters en réanimation, ou association avec BLSE/carbapénémase.
- Confirmation moléculaire : en cas de CMI élevée ou contexte épidémique, proposer une recherche de mcr (PCR/NGS selon plateau technique) et déclencher l’alerte infection-control.
Impact clinique et antibiorésistance : la présence de mcr réduit la robustesse de stratégies incluant la colistine (notamment en association). Le choix thérapeutique doit s’appuyer sur l’antibiogramme fiable, l’accès aux nouvelles options (p. ex. β-lactamines/inhibiteurs selon mécanisme) et l’optimisation PK/PD.
Question à la communauté : dans vos labos, avez-vous un algorithme standard “CMI colistine + reflex mcr” pour les entérobactéries MDR ?
3 commentaires
Post très utile pour remettre la colistine en perspective « dernier recours » et pour rappeler que la résistance plasmidique via mcr change la logique de surveillance. En routine, le message clé à marteler est la fiabilité des méthodes : privilégier la microdilution en bouillon (référence) pour les CMI de colistine, éviter les tests de diffusion peu interprétables, et intégrer des contrôles qualité stricts. Côté interprétation, une CMI limite ou discordante doit faire suspecter hétéro-résistance, inoculum effect ou mécanisme mcr, surtout chez E. coli/Klebsiella. La valeur ajoutée serait d’expliciter un algorithme pratique : quand confirmer la CMI, quand déclencher PCR/NGS mcr, et comment articuler cela avec les recommandations EUCAST/CLSI et la notification à l’EOH. Enfin, rappeler la coexistence possible avec carbapénémases renforce l’enjeu de dépistage combiné et de mesures de prévention de transmission.
Bon rappel : avec mcr, on n’est plus seulement dans une résistance « acquise en interne » mais dans un risque de diffusion horizontale, donc l’interprétation doit intégrer l’épidémiologie. En routine, l’EBM 2024-2026 converge vers un point clé : les tests de colistine sont très sensibles aux artefacts, donc la microdilution en bouillon (BMD) reste la méthode de référence, avec prudence sur les résultats issus de diffusion/disques ou de certains systèmes automatisés. À surveiller : (i) MIC proches du seuil (zone grise clinique) et répétabilité, (ii) discordances phénotype/génotype (mcr parfois à MIC modérées), (iii) co-résistances plasmidiques associées (ESBL/carbapénémases) qui augmentent l’impact clinique, (iv) signalement et confirmation moléculaire ciblée en cas de suspicion/cluster. L’approche la plus robuste est donc : phénotype fiable + contextualisation + confirmation génétique quand pertinent.
Synthèse utile : la problématique MCR-1/colistine impose surtout une standardisation de la routine. Points à surveiller : (1) phénotype colistine avec méthodes adaptées (éviter diffusion disque/Etest ; privilégier microdilution en bouillon ISO/EUCAST), en vérifiant hétéro-résistance et effets d’inoculum ; (2) interprétation selon seuils EUCAST et avec prudence pour MIC proches du cut-off ; (3) discordances clinico-microbiologiques (réponse sous colistine malgré MIC élevée) pouvant suggérer mélange de populations. En cas de MIC élevée chez entérobactéries ou contexte épidémio (élevage/voyage, clusters), compléter par dépistage moléculaire ciblé (PCR mcr) et typage/épidémio si transmission suspectée. Enfin, rappeler que mcr peut coexister avec autres déterminants (ESBL/carbapénémases), ce qui impacte l’isolement, l’antibiogramme élargi et la notification IPC/ARS.
Très bon rappel : la colistine est « dernier recours », donc toute résistance acquise, surtout plasmidique, a un impact clinique et épidémiologique majeur. En routine, le point clé est la fiabilité du phénotype : privilégier la microdilution en bouillon (méthode de référence) et éviter les disques/gradient tests, peu performants pour la colistine. Interprétation : une CMI élevée évoque mcr mais n’est pas spécifique (des mécanismes chromosomiques existent, et des hétéro-résistances peuvent compliquer). À surveiller : espèces à risque (E. coli, Klebsiella, Salmonella), contexte MDR/XDR, et co-résistances via plasmides (souvent associées à ESBL/carbapénémases). En cas de suspicion, confirmer par PCR/NGS et déclencher alerte hygiène/épidémiologie pour limiter la diffusion inter-espèces.
Bon rappel : avec la colistine, la priorité en routine est d’éviter les faux S/R. À marteler : diffusion/disques et la plupart des automates sont peu fiables ; la microdilution en bouillon (BMD) reste la référence (ISO/EUCAST). Interprétation : EUCAST ne retient que S ≤2 mg/L et R >2 mg/L (pas d’I). Dès MIC à 4 mg/L ou résultat discordant, confirmer par BMD et alerter cliniciens/EOH. Pour la vigilance mcr : penser que mcr peut donner des MIC parfois basses (2–4), et que l’absence de mcr n’exclut pas une résistance (mutations pmr/pho/mgrB, hétéro-résistance). En pratique : cribler/typer (PCR/WGS) surtout chez E. coli/Klebsiella avec MIC ≥4, contextes épidémiques, retour de voyage/animal, ou clusters ; et documenter co-résistances (ESBL/CP) car l’impact IPC est majeur.