mcr-1 et colistine : comment dépister et interpréter une résistance plasmidique en routine ?
La colistine reste un antibiotique « de dernier recours » face à certaines entérobactéries multirésistantes. Or, la résistance plasmidique médiée par mcr (mcr-1 et variants) continue d’être rapportée (humain, animal, environnement), avec un risque de diffusion horizontale.
Point clé EBM : la méthode de référence pour la colistine est la microdilution en bouillon (BMD). Les tests de diffusion (disques) et certains gradient strips sont peu fiables pour la colistine, avec risque de faux-susceptibles.
Situation typique (routine) : ECBU ou hémoculture positive à E. coli producteur d’ESBL, sensibilité limitée. La colistine est demandée.
Démarche pratique proposée
- Déterminer la CMI colistine par BMD (ou méthode validée équivalente). Interpréter selon EUCAST (breakpoints/notes à jour).
- En cas de CMI élevée (ou résultat discordant), envisager :
- hétéro-résistance (sous-populations) ; répéter/contrôler l’inoculum.
- recherche de gènes mcr (PCR ciblée ou WGS selon plateau technique) surtout si enjeu épidémio (soins intensifs, cluster, retour de l’étranger, exposition animale).
- Conséquences cliniques/antibiorésistance :
- Résistance mcr = risque de co-sélection avec ESBL/carbapénémases (plasmides multi-résistants).
- La colistine doit être discutée en RCP/antibiostewardship (toxicité, PK/PD, alternatives : ceftazidime-avibactam selon mécanisme, cefiderocol selon contexte, etc.).
- Mesures de prévention : signalement, traçabilité, précautions complémentaires selon politiques locales si suspicion de diffusion.
À discuter dans la communauté : dans vos labos, quel algorithme utilisez-vous pour la colistine (BMD interne, plateforme commerciale, confirmation systématique) et à partir de quels critères déclenchez-vous un dépistage mcr ?
Sources
- EUCAST. Clinical breakpoints & guidance for colistin testing (notes et recommandations méthodologiques, mise à jour continue) : https://www.eucast.org
- CLSI. Performance Standards for Antimicrobial Susceptibility Testing (M100) et recommandations colistine : https://clsi.org
- Liu Y-Y et al. Emergence of plasmid-mediated colistin resistance mechanism MCR-1 in animals and human beings in China. Lancet Infect Dis (2016).
4 commentaires
Message pertinent et aligné avec les recommandations : pour la colistine, la référence reste bien la microdilution en bouillon (BMD), et les méthodes de diffusion/gradient strips exposent à des erreurs (notamment faux S/R) liées entre autres à la diffusion médiocre et à l’adsorption. Pour renforcer l’aspect “routine”, il serait utile de préciser : (1) les seuils EUCAST/CLSI à jour et la catégorie rapportée (souvent uniquement S/R selon référentiel), (2) les contrôles qualité recommandés en BMD et l’importance des réplicats en cas de valeurs proches du cut-off, (3) la conduite à tenir devant une résistance : confirmation phénotypique, puis recherche de mcr (PCR/WGS) sans confondre résistance plasmidique mcr et mécanismes chromosomiques. Enfin, rappeler que la détection de mcr a un impact de prévention (surveillance/isolement) au-delà de l’interprétation clinique.
Message pertinent : en routine, le vrai piège est de « croire » une diffusion/gradient strip pour la colistine. Rappeler que la BMD (souvent en plaques, sans polysorbate) reste la référence est essentiel, notamment chez Enterobacterales et Pseudomonas. Pour l’interprétation, il faut distinguer : (1) phénotype (CMI) et (2) mécanisme. Un mcr peut donner des CMI modestement élevées (souvent 4–8 mg/L), mais l’absence de mcr n’exclut pas une résistance (mutations chromosomiques pmr/mgrB, etc.). Inversement, la détection moléculaire d’un mcr sans élévation de CMI doit faire recontrôler l’identification, la méthode, l’inoculum, et confirmer par BMD/second test. En pratique : BMD pour tout isolat critique, puis PCR/NGS ciblée mcr si enjeu épidémio (dépistage/cluster) et signalement hygiène si confirmé.
Très bon rappel : pour la colistine, l’EBM converge vers la microdilution en bouillon (BMD) comme méthode de référence. En routine, il faut insister sur deux messages pratiques. 1) Éviter la diffusion (disques) et interpréter avec prudence les bandelettes de gradient : la colistine diffuse mal et l’adsorption au plastique peut fausser les CMI. 2) Distinguer phénotype et génotype : la présence d’un gène mcr n’implique pas toujours une CMI clairement élevée, et l’absence de mcr n’exclut pas une résistance (mutations chromosomiques, hétéro-résistance). Concrètement, devant une CMI ≥ point critique (EUCAST), confirmer par BMD, puis envisager un dépistage moléculaire mcr (PCR/NGS) et déclencher les mesures de signalement/contrôle si contexte épidémio compatible. Penser aussi à vérifier l’identification (complexes Klebsiella/Enterobacter) et la qualité du milieu.
Sujet crucial en routine : la détection de mcr ne se résume pas à « colistine R ». Sur l’EBM, rappeler la BMD (ISO/EUCAST) comme référence est essentiel, d’autant que la colistine est fortement influencée par l’adsorption aux plastiques, les inocula et l’hétéro-résistance : autant de sources de faux S/R avec diffusion/strips. En pratique, l’interprétation doit intégrer les seuils EUCAST (S ≤2 mg/L, R >2) et la discordance possible entre MIC proche du cut-off et présence de mcr. Un axe intéressant est la stratégie de dépistage : BMD pour confirmation + test moléculaire (PCR ciblée ou WGS) en cas de suspicion épidémiologique, et éventuellement tests rapides de type colistin NP comme triage (à valider selon le contexte). Il serait utile aussi de discuter des co-résistances (ESBL/CP) et de la conduite en contrôle d’infection.
Message très juste : en routine, la colistine doit être testée par microdilution en bouillon (BMD), les disques et beaucoup de bandelettes de gradient étant trop sujets aux erreurs (diffusion médiocre, adsorption sur les plastiques, hétéro-résistance). Pour renforcer le post, j’ajouterais : 1) bien rappeler les seuils EUCAST/CLSI (colistine : S ≤ 2 mg/L, R > 2 mg/L selon EUCAST) et l’importance d’un inoculum standardisé ; 2) en cas de MIC à 2–4 mg/L ou de profil inhabituel, répéter la BMD et envisager un test de confirmation (p. ex. BMD en plaques dédiées) ; 3) le dépistage de mcr : PCR ciblée ou WGS, car la phénotypie seule ne distingue pas mcr d’autres mécanismes ; 4) interprétation clinique : même avec mcr, attention aux co-résistances et au caractère souvent “bas niveau” (MIC modestement augmentée) mais transmissible. Enfin, signaler/typer les isolats pour la surveillance (One Health).