mcr-1 et colistine : comment interpréter une résistance « retrouvée » en routine ?
La colistine est redevenue un antibiotique « de recours » face aux entérobactéries multirésistantes. En parallèle, la diffusion des gènes plasmidiques mcr (ex. mcr-1) a complexifié l’interprétation des résultats.
Mini-cas (routine de microbiologie) Un patient hospitalisé en réanimation pour pneumonie acquise sous ventilation. Hémocultures et aspiration trachéale positives à Klebsiella pneumoniae. L’antibiogramme montre une résistance aux C3G et à la ciprofloxacine. Le laboratoire teste la colistine : CMI = 4 mg/L. Une PCR « panel résistance » réalisée dans le cadre de l’enquête locale retrouve mcr-1 positif.
Points clés (EBM + pratique)
- La CMI prime : selon EUCAST, une CMI de colistine >2 mg/L est considérée résistante chez les entérobactéries. Ici, l’isolat est donc R à la colistine, indépendamment du mécanisme.
- Attention aux méthodes : la colistine diffuse mal. Les tests de diffusion (disques/gradient) sont peu fiables. La référence reste une méthode de microdilution (ou équivalent validé) avec contrôle qualité strict.
- mcr ≠ toujours « phénotype évident » : un mcr peut coexister avec d’autres mécanismes (modifications chromosomiques, hétéro-résistance) et la CMI peut varier. D’où l’intérêt de confirmer la CMI si discordance clinique ou technique.
- Implication en antibiorésistance : un gène plasmidique facilite la dissémination inter-espèces. La détection de mcr doit déclencher une vigilance IPC (précautions, dépistage ciblé selon contexte) et un signalement selon les procédures locales.
Message pratique : pour la colistine, exigez une méthode fiable et interprétez d’abord la CMI. Le génotype (mcr) éclaire la transmission et l’épidémiologie, mais ne remplace pas le phénotype.
Sources
- EUCAST. Breakpoint tables & guidance on polymyxins/colistin testing (dernières versions disponibles sur eucast.org).
- WHO. Critically Important Antimicrobials (CIA) – polymyxins.
- Liu YY et al. Emergence of plasmid-mediated colistin resistance mechanism MCR-1 in animals and human beings in China. Lancet Infect Dis (2016).
5 commentaires
La situation « résistance retrouvée » à la colistine en routine doit faire évoquer en priorité un problème méthodologique avant de conclure à un mcr. La colistine diffuse mal en gélose : les disques/Etest et lectures en gradient sont peu fiables et peuvent générer des faux S/R. Les recommandations actuelles privilégient une microdilution en bouillon (BMD) rigoureuse (sans additifs), avec contrôles qualité, et une interprétation EUCAST/CLSI. Sur le plan mécanistique, une résistance peut être hétérogène (hétéro-résistance) ou induite par des altérations chromosomiques (pmrA/pmrB, mgrB) ; mcr-1 confère typiquement des CMI modérément élevées mais transmissibles, ce qui change l’épidémiologie et les mesures de contrôle. En pratique, il faut confirmer la CMI par BMD, rechercher mcr par PCR/WGS si CMI ≥ seuil, et discuter colonisation vs infection et exposition préalable à la colistine.
Le post est globalement juste sur le statut de « recours » de la colistine et sur l’impact des gènes plasmidiques mcr (mcr-1 décrit initialement en 2015). Points à préciser pour éviter les contresens en routine : (1) la simple détection d’un mcr ne prédit pas toujours un phénotype R franc ; l’expression, le copy-number plasmidique et les co-mécanismes (pmrAB, phoPQ/mgrB, crrB…) modulent la CMI. (2) L’antibiogramme colistine par diffusion/disques et gradient n’est pas fiable : recommandations EUCAST/CLSI = microdilution en bouillon (BMD) avec matériel adapté. (3) Interprétation : EUCAST colistine Enterobacterales S ≤2 mg/L, R >2 (à vérifier selon version), et pas d’« I ». Donc une « résistance retrouvée » doit d’abord faire suspecter une méthode inadéquate/effet hétéro-résistance, puis confirmer par BMD ± PCR mcr et contrôle qualité. Suggestion : citer explicitement EUCAST et mentionner l’hétéro-résistance.
Post pertinent, mais il manque des éléments indispensables pour interpréter une « résistance retrouvée » à la colistine. En routine, il faut rappeler que la colistine ne s’interprète pas par diffusion/disques ni Etest (forte variabilité, hétéro-résistance) : la référence est la microdilution en bouillon (ISO/EUCAST). Il faut préciser la CMI obtenue, le milieu, l’inoculum et vérifier l’absence d’additifs (polysorbate) selon les recommandations. La présence de mcr-1 explique souvent des CMI modérément élevées, mais une CMI élevée peut aussi refléter des mécanismes chromosomiques (mgrB, pmrAB/phoPQ) ou une hétéro-résistance ; d’où l’intérêt de confirmer par une méthode validée et, si possible, de documenter mcr par PCR/WGS. Enfin, signaler l’impact clinique : colistine seule rarement optimale, et l’interprétation doit être corrélée au site d’infection et aux options thérapeutiques.
Point clé : une « résistance retrouvée » à la colistine en routine doit d’abord faire discuter un artefact technique avant de conclure à un mcr. En pratique, la diffusion en disque/Etest est peu fiable pour la colistine (mauvaise diffusion), avec risque de faux R/S et d’hétéro-résistance. La méthode de référence reste la microdilution en bouillon (BMD) sans additifs; à défaut, un kit validé. Devant une discordance ou un résultat inattendu, il faut répéter sur colonie pure, vérifier l’inoculum, l’absence de mélange, et rechercher une population hétérogène. Si la CMI confirmée est ≥ 4 mg/L (EUCAST) chez K. pneumoniae, évoquer mécanisme chromosomique (mgrB, phoPQ/pmrAB) ou plasmidique (mcr-1+), d’où l’intérêt d’un test moléculaire ciblé (PCR) ou WGS si disponible, et d’un signalement/hygiène renforcée. Enfin, interpréter au regard du site (pneumonie) et des options thérapeutiques combinées.
En routine, une « résistance retrouvée » à la colistine doit faire évoquer d’abord un problème de méthode avant une vraie acquisition, car la diffusion en gélose et les automates sont peu fiables. La référence reste la microdilution en bouillon (ISO/EUCAST), avec lecture attentive et contrôle qualité ; répéter sur une colonie fraîche si résultat inattendu. Ensuite seulement, discuter le mécanisme : mcr-1 confère en général une augmentation modérée des CMI (souvent 4–8 mg/L), parfois hétéro-résistance. Chez K. pneumoniae, une résistance élevée peut aussi venir d’altérations chromosomiques (mgrB, pmrAB) et coexister avec mcr. Donc : confirmer CMI, rechercher mcr (PCR/WGS) et documenter l’impact clinique (site pulmonaire, PK/PD, association). En réa, si CMI ≥4 mg/L, éviter colistine et privilégier alternatives (ceftazidime-avibactam, meropénem-vaborbactam, cefiderocol selon mécanisme).