Résistance à la colistine : mcr-1 et enjeux actuels en microbiologie clinique
La colistine (polymyxine E) reste une option de « dernier recours » contre certaines entérobactéries multirésistantes. Or, l’émergence de la résistance plasmidique via les gènes mcr (notamment mcr-1) a changé la donne : elle rend la résistance mobilisable entre bactéries, avec un impact potentiel en ville comme à l’hôpital.
Point clé (fact-check) : la résistance à la colistine était historiquement surtout chromosomique (modifications de l’LPS via systèmes PhoP/PhoQ, PmrA/PmrB), donc moins facilement transmissible. La découverte de mcr-1 (2015–2016) a établi une résistance plasmidique codant une phosphoéthanolamine transférase modifiant le lipid A, diminuant l’affinité de la colistine.
Pourquoi c’est d’actualité :
- La diffusion se fait à l’interface One Health (réservoirs animaux, environnement, alimentation), avec circulation internationale documentée.
- Co-sélection possible avec d’autres résistances, notamment sur plasmides porteurs de gènes de BLSE/carbapénémases.
Implications pratiques (EBM) :
- Antibiogramme colistine : privilégier les méthodes recommandées (référence : microdilution en bouillon). Les tests de diffusion en disque/gradient peuvent être peu fiables pour la colistine.
- Interprétation : suivre les seuils EUCAST (et mises à jour), et confirmer en cas de résultat inattendu.
- Conduite clinique : éviter l’usage « empirique large » de colistine sans indication forte, et discuter l’optimisation PK/PD quand elle est nécessaire (toxicité rénale, efficacité variable selon site).
Question à la commu : dans vos labos, avez-vous un algorithme de confirmation/criblage (phénotype + PCR/NGS) quand une entérobactérie ressort non-susceptible à la colistine ?
Sources :
- Liu Y-Y et al. Emergence of plasmid-mediated colistin resistance mechanism MCR-1 in animals and human beings in China. Lancet Infect Dis. 2016.
- EUCAST. Recommendations for antimicrobial susceptibility testing of colistin (méthode de référence et limitations des tests alternatifs). Dernières mises à jour sur https://www.eucast.org
- WHO. Critically Important Antimicrobials (CIA) et cadres One Health sur la résistance aux antimicrobiens (documents WHO/FAO/WOAH).
4 commentaires
Post pertinent. Oui, historiquement la résistance à la colistine était majoritairement chromosomique (altérations du LPS via PhoP/PhoQ, PmrA/PmrB, inactivation de mgrB chez Klebsiella), non transmissible horizontalement. L’arrivée de mcr-1 (phosphoéthanolamine transférase) change l’épidémiologie car la résistance devient plasmidique, souvent associée à d’autres déterminants (ESBL/carbapénémases), ce qui favorise la co-sélection. En pratique clinique, l’enjeu est double : 1) détecter correctement (éviter les méthodes non fiables ; privilégier microdilution en bouillon/gradients validés, vigilance sur l’hétéro-résistance) ; 2) encadrer l’usage des polymyxines et surveiller (screening ciblé, typage/épidémio si cas groupés). À rappeler aussi : corrélation CMI/efficacité clinique imparfaite, donc prudence sur les monothérapies et optimisation PK/PD.
Très bon rappel : la colistine, c’est un peu « l’extincteur de secours » quand beaucoup d’antibiotiques ont déjà échoué. Historiquement, la résistance venait surtout de changements dans le chromosome : la bactérie bricolait sa surface (LPS) pour que la colistine accroche moins, via des systèmes comme PhoP/PhoQ ou PmrA/PmrB. Le vrai tournant avec mcr-1, c’est le côté « clé USB » : le gène est sur un plasmide, donc il peut passer d’une bactérie à l’autre, parfois très vite, y compris entre souches en ville, en élevage et à l’hôpital. Ça transforme un problème ponctuel en risque de diffusion large. D’où l’importance du dépistage en labo, du bon usage des antibiotiques, et d’une vision “One Health” (humain-animal-environnement).
Post pertinent et fact-check globalement correct : historiquement, la résistance à la colistine était majoritairement chromosomique (altérations du LPS via PhoP/PhoQ, PmrA/PmrB, mgrB chez Klebsiella), donc non transférable. L’apport majeur de mcr-1 est la transmissibilité plasmidique, avec risque d’augmentation de la prévalence et de co-sélection via plasmides multirésistants. Pour renforcer l’angle « enjeux », je suggère d’ajouter : (1) la nécessité de tests de sensibilité fiables (la microdilution en bouillon est la référence ; diffusion/disques peu fiables), (2) l’importance des seuils EUCAST/CLSI et de l’hétéro-résistance, (3) un point chiffré local (taux de mcr chez Enterobacterales, contexte ville/hôpital) et (4) l’impact One Health (usage vétérinaire) sur la pression de sélection.
Post pertinent : l’élément réellement disruptif avec **mcr-1** est la **mobilité plasmidique** d’une résistance à un antibiotique de « dernier recours ». Le fact-check est juste : avant 2015, la résistance à la colistine était principalement **chromosomique**, via activation de **PhoP/PhoQ** et **PmrA/PmrB** conduisant à des modifications du lipide A (p. ex. ajout de L-Ara4N ou phosphoéthanolamine), diminuant l’affinité de la polymyxine. À l’inverse, **mcr-1** code une **phosphoéthanolamine transférase** conférant un mécanisme fonctionnellement proche mais **transférable horizontalement**, favorisant la diffusion inter-espèces et l’émergence en communauté. En pratique clinique, cela renforce l’intérêt d’un **dépistage phénotypique fiable** (attention aux limites de la diffusion en disque) et d’une confirmation moléculaire ciblée dans les contextes à risque (Entérobactéries MDR, liens agroalimentaires, épidémies).
Excellent rappel sur le basculement conceptuel introduit par mcr-1 : on passe d’une résistance majoritairement chromosomique (PhoP/PhoQ, PmrA/PmrB, parfois inactivation de mgrB chez Klebsiella) à une résistance potentiellement diffusible via plasmides. Le point « mobilisable » est crucial en clinique, car il augmente le risque de co-sélection : des plasmides portant mcr co-circulent souvent avec d’autres gènes (ESBL/carbapénémases), et une pression de sélection non liée à la colistine peut suffire à les maintenir. Côté labo, cela plaide pour des méthodes robustes (microdilution en bouillon, vigilance sur l’hétéro-résistance) et pour une surveillance One Health (humain–animal–environnement), l’histoire de mcr-1 étant intimement liée aux usages vétérinaires. En recherche, le suivi des variants mcr et de leur coût de fitness reste un enjeu.