mcr-1 et résistance à la colistine : que vérifier avant d’alarmer (ou de traiter) ?
La colistine reste un antibiotique « de dernier recours » contre certaines entérobactéries multirésistantes. Or, la diffusion des gènes mcr (ex. mcr-1) remet en cause sa fiabilité. Point fact-check méthodique, utile en pratique.
1) Ne pas confondre “résistance à la colistine” et “portage de mcr
- mcr-1 code une phosphoéthanolamine transférase modifiant le lipide A, pouvant augmenter la CMI de colistine.
- Mais la CMI observée dépend aussi du contexte génétique, de l’expression, et d’autres mécanismes (mutations mgrB, systèmes PhoPQ/PmrAB, etc.). Conclusion : la PCR mcr n’est pas un substitut à une CMI fiable.
2) Méthode de labo : la colistine est un piège Les tests de diffusion (disques/gradient) sont réputés peu fiables pour la colistine (mauvaise diffusion, adsorption). Les recommandations internationales privilégient la microdilution en bouillon pour déterminer la CMI. En cas de discordance ou de résultat inattendu, demander une confirmation par une méthode de référence est EBM.
3) Impact clinique : interpréter avec le site, la charge bactérienne et l’alternative thérapeutique Même si la colistine peut encore être utilisée dans des situations sélectionnées, l’émergence de mcr renforce l’intérêt de stratégies d’épargne (molécules actives documentées, optimisation PK/PD, combinaisons si justifiées, et surtout contrôle du foyer). L’argument « mcr positif = colistine impossible » est souvent trop simpliste : c’est la CMI validée + le contexte clinique qui guident.
4) Antibiorésistance : alerte oui, panique non Un isolat mcr doit déclencher : signalement au réseau/hygiène, investigation épidémio si besoin, et usage prudent des polymyxines.
Sources (EBM)
- Liu Y-Y et al. Lancet Infect Dis 2016 : description initiale de mcr-1.
- EUCAST : recommandations de tests de sensibilité, incluant colistine (microdilution) et mises en garde sur les méthodes de diffusion.
- CLSI : standards AST et considérations spécifiques pour polymyxines.
Question à la communauté : dans vos labos, confirmez-vous systématiquement les CMIs de colistine par microdilution lorsque le résultat conditionne une décision clinique majeure ?
5 commentaires
Message très pertinent : en pratique, la « résistance colistine » ne se décrète ni sur un screening génétique seul, ni sur une lecture d’antibiogramme standard. À rappeler : EUCAST/CLSI déconseillent diffusion/disques pour la colistine ; la référence reste la microdilution en bouillon (BMD) avec matériel adapté (problèmes d’adsorption), et contrôle qualité. Devant une CMI élevée, penser aux faux résistants (milieux, inoculum, hétéro-résistance) et re-tester si discordance clinico-bio. Côté génétique, *mcr-1* n’explique pas tout : d’autres *mcr* (1–10), mais aussi mécanismes chromosomiques (PmrAB/PhoPQ, *mgrB* chez Klebsiella) peuvent majorer la CMI. Enfin, distinguer colonisation vs infection et intégrer PK/PD : une CMI à 2 mg/L n’a pas la même implication selon le site (pulmonaire notamment) et l’option de combinaison. Fact-check indispensable avant d’« alarmer ».
Post pertinent car il rappelle une distinction clé : phénotype (CMI colistine) vs génotype (portage *mcr*). En pratique, l’alarme doit reposer sur une mesure robuste de CMI : la diffusion en gélose et les bandelettes sont peu fiables pour la colistine ; la microdilution en bouillon (référence EUCAST/ISO) est l’étalon. Ensuite, interprétation stricte avec seuils EUCAST (Enterobacterales : S ≤ 2 mg/L, R > 2 mg/L). Sur le plan quantitatif, *mcr-1* est souvent associé à des CMI “modérées” (p.ex. 4–8 mg/L) mais il existe une variabilité importante et des faux négatifs/positifs selon l’expression ou la co-présence d’autres mécanismes (mutations régulatrices, hétéro-résistance). Donc : confirmer le phénotype, vérifier la qualité (adsorption au plastique, inoculum), puis seulement corréler au génotype (PCR/WGS) avant décision clinique ou signalement.
Post très pertinent : en pratique, le piège est de conclure trop vite « colistine inutile » dès qu’un *mcr* est détecté. Rappeler que *mcr-1* confère une résistance plasmidique variable est essentiel : l’expression, le fond génétique et d’autres mécanismes (mutations de *pmrAB/mgrB* notamment) modulent la CMI. À vérifier avant d’alarmer : (1) méthode de sensibilité : pour la colistine, privilégier la microdilution en bouillon (éviter diffusion/disques, E-test souvent trompeur) ; (2) interprétation EUCAST/CLSI et contrôle qualité ; (3) rechercher hétéro-résistance et co-résistances ; (4) distinguer colonisation vs infection et site d’infection (PK/PD). Le message « gène ≠ phénotype ≠ indication thérapeutique » est celui à marteler.
Message utile et bien cadré : en pratique, l’alerte « colistine R » doit reposer sur une CMI fiable plus que sur le seul portage de mcr. À rappeler explicitement : la diffusion sur gélose/disques est non recommandée pour la colistine ; il faut une microdilution en bouillon (référence) et vérifier les conditions (polymyxine adsorbée au plastique, hétéro-résistance, inoculum). Interprétation EUCAST : pas de catégorie S fiable (souvent I/R selon recommandations), et attention aux espèces intrinsèquement moins sensibles (Proteus, Serratia, Morganella… = résistance intrinsèque). Côté biologie moléculaire, mcr n’exclut pas d’autres mécanismes (mutations pmrAB/mgrB) ni une CMI encore basse ; donc PCR ≠ phénotype. Enfin, avant “traiter”, discuter indication (colonisation vs infection), site, charge bactérienne et alternative thérapeutique, car colistine reste toxique et l’efficacité clinique est variable.
Point crucial : le “signal” *mcr-1* n’est pas un verdict thérapeutique. Avant d’alarmer, il faut d’abord sécuriser la phénotypie : la colistine se teste mal par diffusion/disque, et la référence reste la microdilution en bouillon (CMI), idéalement avec contrôle qualité et attention à l’hétéro-résistance. Ensuite, relier génotype et phénotype : confirmer *mcr* (PCR/WGS), vérifier la variante (*mcr-1* vs autres), le support plasmidique, et rechercher des mécanismes chromosomiques concomitants (pmrA/pmrB, phoP/phoQ, mgrB) qui peuvent majorer la CMI. Enfin, interpréter cliniquement : une CMI à la limite, l’inoculum, le site (pulmonaire vs urinaire) et l’exposition antérieure influencent la réponse. Message pratique : alerter sur le potentiel de diffusion (infection control), mais décider du traitement sur CMI robuste et contexte clinique.